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O Hospital Universitário da Universidade Federal de Juiz de Fora oferece programas de pós-graduação, através de Residências Médicas, Multiprofissionais e em outras áreas da Saúde. Conforme a especialidade, os residentes podem atuar no Hospital Universitário (unidade Santa Catarina), onde estão localizados os Centros Cirúrgicos, Unidade de Tratamento Intensivo, Internamento, Ambulatórios de Cardiologia, Neurologia e Psiquiatria, ou no  Centro de Atenção à Saúde – HU/CAS (unidade  Dom Bosco), que concentra as diversas especialidades atendidas pela Unidade Ambulatorial do HU/UFJF.

O primeiro processo seletivo de Residência Médica do HU ocorreu no ano de 1975. Desde então, o Programa vem evoluindo cada vez mais, possibilitando ao residente o aprofundamento do conhecimento, seja através do atendimento ao paciente ou da participação em projetos de extensão e de pesquisa, com publicação de artigos. A produção científica apresenta número considerável de artigos publicados em revistas nacionais e em inúmeros congressos locais e nacionais. Ao final de cada programa, os residentes apresentam uma monografia ou artigo publicado em Revista indexada.