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O Herbário CESJ conta com um acervo de mais de 53.000 registros, incluindo todos os grupos vegetais – algas, briófitas, pteridófitas, gimnospermas e angiospermas – , além de fungos, liquens e as coleções auxiliares – carpoteca, sementeca e xiloteca. Possui atualmente exemplares tipo de 40 espécies de liquens, pteridófitas e angiospermas.
Veja também: Fungos, Liquens, Briófitas, Pteridófitas, Angiospermas.