O Departamento de Morfologia foi criado juntamente com a UFJF em 1960 abrangendo as áreas de Anatomia e Histologia. Em 2011 houve uma divisão da Morfologia, sendo criado o Departamento de Anatomia. Atualmente, o Departamento de Anatomia conta com 11 professores, 01 técnico administrativo, 02 técnicos de anatomia e necropsia e 02 assistentes de laboratório. O Departamento de Anatomia oferece disciplinas para os cursos de Medicina (4 semestres), Odontologia (3 semestres), Fisioterapia (3 semestres), Enfermagem (2 semestres), Farmácia e Bioquímica, Educação Física, Nutrição, Ciências Biológicas e Psicologia, atendendo aproximadamente 1000 alunos por semestre.  O Departamento também recebe muitos alunos que estão envolvidos em vários projetos de monitoria, treinamento profissional e de extensão.

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