O Departamento de Morfologia foi criado juntamente com a UFJF em 1960 abrangendo as áreas de Anatomia e Histologia. Em 2011, houve uma divisão da Morfologia, sendo criado o Departamento de Anatomia. Atualmente, o Departamento de Anatomia conta com 11 professores, 01 assistente em administração, 01 técnica em anatomia e necropsia e 03 auxiliares de laboratório. O Departamento de Anatomia oferece disciplinas para os cursos de Medicina (4 semestres), Odontologia (3 semestres), Fisioterapia (3 semestres), Enfermagem (2 semestres), Educação Física, Farmácia e Bioquímica, Nutrição, Ciências Biológicas e Psicologia, atendendo aproximadamente 1000 alunos por semestre. O departamento também recebe muitos alunos que estão envolvidos em projetos de monitoria, de treinamento profissional e de extensão.

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