A Ouvidoria Geral da UFJF foi instituída oficialmente em 1996 após aprovação do Conselho Superior, na época denominado Conselho Universitário, através da Resolução n° 48/96 – CONSU/UFJF (formato .pdf, tamanho 28,6 KB), de 5 de setembro de 1996. A mesma resolução estabeleceu o Regimento Interno, que através da Resolução n° 11/2001 de 12 de junho de 2001, acrescentou o parágrafo 3° ao Art. 4° determinando o mandato de 02 (dois) anos para o cargo de Ouvidor, permitindo-se recondução pelo mesmo período.
As (os) Ouvidoras (es) que atuaram na Ouvidoria Geral da UFJF desde de sua instituição foram:
- De 27/09/1996 a 23/06/1997 – Prof.ª Clélia Maria Miranda de Castro
- De 24/06/1997 a 11/06/2001 – Prof.ª Elisa de Oliveira Mello
- De 12/06/2001 a 24/08/2005 – Prof.ª Flora Beatriz Pittela da Silva
- De 25/08/2005 a 25/08/2009 – Prof.ª Sandra Hallack Arbex
- De 30/11/2009 a 31/08/2014 – Prof.ª Clarice da Cunha Ibiapina
- De 02/03/2015 a 30/06/2017 – Prof. Lênio de Paula Mota
- De 01/07/2017 a 26/08/2019 – TAE Valesca Nunes dos Reis
- De 26/08/2019 a 08/09/2021 – Prof.ª Flávia de Souza Bastos
- De 08/09/2021 a 15/09/2023- TAE Anna Claúdia Rodrigues Alves
- De 18/09/2023 a – – TAE Ana Lúcia de Almeida Vargas
Em 11 de fevereiro de 2015 a Ouvidoria Geral da UFJF aderiu ao sistema eletrônico e-OUV – Sistema de Ouvidorias do Poder Executivo Federal, da Controladoria Geral da União.